Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
七年后她为了继承一事来到了陆地去寻找以前的男孩要回真珠，最终找到了那个男孩，名叫堂本海斗，但是化身成人形的露西亚，名叫七海露西亚的女孩，与她的人鱼型态并不相似；她也不能告诉海斗她真正的身份，否则她将变成泡沫。因此她努力的让海斗去想出她的真正身份。 与此同时，露西亚知道有一群水妖已经入侵海上世界。她必须聚集七位美人鱼公主和她们的真珠，使得传说中的海洋女神阿克安·雷芝娜女神复活，并阻止水妖们的阴谋。为了这样，她与另外六位来到陆地的美人鱼公主波音、莉娜、香莲、诺爱儿、可可和沙罗联手，使用她们的珍珠变成歌唱偶像，以她们的歌声作为攻击武器去对付水妖。
