根据日本漫画家高嶋博美创作的百合漫画《牵牛花与加濑同学》改编的剧场版动画。主角山田结衣是位个性内向、喜欢植物的高中2年级学生,班上的园艺股长;在她隔壁班的加濑同学是田径队的王牌及校内风云人物。
左翔太郎(桐山漣 饰)和飞利浦(菅田将暉 饰)合体变身为假面骑士W,风都警署警官照井龙(木ノ本嶺浩 饰)则化身假面骑士阿克塞尔,与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂(杉本彩 饰)的协助下,正义战士们击退了入侵者,却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知,国际重犯大道克己(松岡充 饰)及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体,他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……