在人类历史和传说中,有许多关于鬼怪的故事。很少有人知道它们真的存在,它们的真实本质实际上是一种植物生命。日本传说中的饥荒之神也是这种植物。根据传说,天照大神的哥哥是他们的领袖,他被从高天放逐。
故事发生在御伽学园里,大神凉子(伊藤静 配音)是一个身材娇小但个性十分凶悍的傲娇少女。在学园中,有一个名为御伽学园学生互助协会的神秘组织,而大神正是其中的一员。
故事发生在日本江户时代,当时一名神秘男子出现在武士桂(石田明配音)面前。他手里拿着魔剑“红樱”,要求对其进行测试。当晚之后,桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松伸树配音)从万石屋找到了信高(Naomiya Rihui配音)和信矢加(Sakaguchi Daisuke配音),并委托他们寻找主人的下落。与此同时,银石(杉田智和饰)也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上,由于远离警方的管辖范围,飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里,银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三(由齐安武史配音),他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子,另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生,拯救江户?这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》,没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。