《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。
但因为药剂有副作用，也因此造成20亿人的发病，间而诞生「嗜血种」这样的新生命体。之后，“嗜血种”与人类之间的战争爆发, 虽然最后以人类方的胜利收场，但是残留下来的嗜血种却还是存在于这个世界上….。最终，人类凭着人造血液及被称为“D-GPS”的嗜血种管理系统，来保障嗜血种的生存权利。 这个故事，是在人类与嗜血种共存为日常生活的舞台上进行的。
