在某中学任教的理科教师城户诚（沢田研二 饰）看似悠闲自在，但是心中却有浓重的厌世情绪和反社会倾向。他白天认真授课，晚上则在自己的寓所进行一项惊世骇俗的研究。
女子高中圣泉学校表面平静，但内部极其危险，暗流汹涌。以秋山玲香（石川丽香饰演）为首的一群肆无忌惮的女孩肆无忌惮地欺负弱者，引发了学生神田健美（三好优里香饰演）的自杀事件。警方派出侦探秘密潜入胜泉学园，最终在涩谷街头神秘死亡。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
