本作的主人公都仓碧是一名大学一年级学生，他在自己曾偶然进入的一家名为“Rainy color”的咖啡店打工。在那里，有很酷的帅哥岩濑启一、轻率的樱木凉太、温和的“Rainy color”的老板古贺西昂，以及很自由奔放的业主天见浩司。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。
在短暂的稳定生活之后，突然发生了一件大事，彻底改变了他们，使安树与宫本的关系达到了冰点。宫本应该怎么做才能巩固这份来之不易的爱情？
