2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
国中二年级学生栉森秀一（二宫和也 饰）与母亲友子（秋吉久美子 饰）、妹妹遥香（铃木杏 饰）住在一起。秀一的父亲早年间车祸去世，十年前母亲改嫁曾根隆司（山本寛斎 饰），而这段婚姻又因为曾根的暴力倾向而夭折。 某天，曾根返回栉森家。
实际上，奇力男谢洛一直默默的爱慕着阿丽莎，可是，在阿丽莎的眼中，奇力男谢洛仅仅是一个需要她照顾的弟弟一般的存在。 阿丽莎喜欢的，是她的老师查尔德曼（中田让治 配音），然而，查尔德曼却拒绝了阿丽莎的表白。伤心之中，阿丽莎开始沉迷于对力量的追求，并且最终遭到了反噬，变成了可怖的怪兽。为了让阿丽莎恢复原来的养子，奇力男谢洛化名欧菲，踏上了漫长的旅途。
