愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
双子の姉妹エレインとダイアナは、生まれながらにして生体エネルギー“ヴァジュラ”の力を秘めていた。2人の精神が融合する時、超生命体“ジェノサイバー”が誕生した。 いま、ジェノサイバーと人類との半世紀にわたる戦いが始まる。
