但曾担任联合舰队上尉的哈洛克（Kokuri Seon配音）背叛了盖亚的制裁措施，并驾驶他的阿尔卡迪亚，升起了反政府军的旗帜，成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola（森川清治配音）指示他的弟弟Yama（三浦春马配音）潜入阿尔卡迪亚号，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员接近地球，而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国，久违的真相，震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
赤羽由宇（小松菜奈 饰）是一个非常平凡的女子高中生，由于父亲工作的原因，由宇需要住进宿舍开始和其他同学和合住生活。平日里，由宇性格内敛，寡言少语，她希望这次的合宿生活能够帮助她改变一下内向的性格。
妹妹叫小薰（长泽雅美饰），这个妹妹跟他完全没有血缘关系，是当年妈妈带着他改嫁给小薰父亲，可是父亲生性不受拘束，不久便出走了。母亲临终前嘱咐洋太郎一定要好好照顾妹妹，两人便相依为命了十多年。 可是好景不长，洋太郎正要开张新店时，才知道原来自己被骗了。女友父亲又阻止他们交往，可谓受尽挫折。妹妹非常心疼，其实很早在她心里，她便喜欢了哥哥。就算升大学决定独立生活也是因为这个原因，可是当她把心意都告诉哥哥的时候，哥哥却离她而去……
