2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
在不久的将来，曾经熙熙攘攘的东京因核电站事件而成为一座死城，成为世界上最大的鬼城。然而，即使在这片荒凉的废墟中，仍然有幸存者在这里徘徊。20XX年，三名没有任何辐射防护设备的年轻女孩出现在旧东京。
