故事发生在2018年的东京，彼时，魔术已经获得了社会的认可，成为了人们日常生活中的一部分，魔术使们亦融入了人类群体之中，不再是令人感到惧怕的异类。
2013年，城市排名第六。这是一个理想的国家，没有犯罪、疾病、战争、痛苦或怨恨。一直相信这一点的12岁天才男孩子园（由Kaji Yuki配音）和他的母亲住在6号的高档住宅区。
在一次偶然的森林探险中，玛丽看到了传说中的神奇花朵“夜间飞行”，还发现了一把坏扫帚。不幸的是，这把神奇的扫帚把玛丽带上了天空，来到了专门训练魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方，玛丽受到了曼布莱切克女士（天海佑希配音）的热情接待，还遇到了长相奇怪的D医生（小日向文石配音）。虽然女孩迷迷糊糊地变成了巫师学生，但他很快就发现了这里隐藏的秘密。。。这部电影改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说，是米林·鸿昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。
