塔原直哉（佐藤利奈 配音）是一名单身父亲，独自抚养着女儿明日叶（田村由加莉 配音）。某日，直哉在求职的途中遇见了一名神秘女子，这位女子竟然施展魔法将直哉传送到了由梦魔族统治的尤各瓦尔兰王国中。
平凡的少女爱是随处可见的舞者。她一直看着自己的朋友町展现出舞者的才能并为此感到消沉，但有一天她发觉了町的才能的“秘密”。那是，被邪恶的法术变成手掌大小的天才们“恶偶”这一存在。只要持有恶偶，不论是谁都能成为天才。
14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
