在不知道原因的情况下，kkju.cc每天都在战斗……就在这时，一个谣言开始在魔法女孩中流传。如果我们能去神滨，魔法女孩就会得救。魔法女孩和谣言集中的城市，神滨市。寻找他失去的愿望，胡的故事Ilubo开始了--
这部电影描绘了“影子军团”活跃的外表，他们在社会的幕后秘密运作，并接受他人的帮助。以不引人注目为最终目标的秘书和管理不善的男人，利用绝密情报和网络，展示了他们是如何改变不合理的日本社会的。
市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
