由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香 配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树 配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长 配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎 配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子 配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
自从《媒体良化法》推行以来，近未来的日本围绕风纪约束和言论自由展开了激烈的拉锯战。媒体良化队针对有害书籍的查禁和销毁不遗余力，与之相对，图书馆自卫组织图书队则拼尽全力保护着人们获取知识和娱乐的自由，为此不惜与良化队兵戎相见，牺牲生命。
