【異形特攻學園】描述距離現今不遠的未來世界裡，到處都可以看到異星人，人們一點也不覺得稀奇，即使在小學裡…在小學裡每個人都會被分配到不同的工作，像是生活股長、衛生股長、飼育股長，當然也有叫作「異形應變小組」的工作 。
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中，高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源，某日，一位名为风见雄二（樱井孝宏 配音）的男生转学来到了这里，打破了此处维系多时的平衡，与此同时，雄二亦是学园中唯一的男性。
在想要离家出走的父母的压力下，大雄（大原惠美配音）、胖虎（木村明配音）、小夫（关惠一配音）和静香（加苏美由美配音）在多啦a梦（三田明配音）的协助下，于7万年前来到了地球。
