並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
原来这个人就是前海军上将Z（大冢芳中配音），他培养了无数优秀的门徒。醒来后，Z发现了路飞（田中真子配音）等人的身份，于是反目成仇。他们与下属Ai（由真原良子配音）和Binz（由川川明配音）一起，残忍无情地对草帽海盗队造成了沉重的伤害。本来，Z因为某件往事对海盗深恶痛绝，而此时，他正在酝酿一个恐怖计划，即将带领“近地天体海军”一举消灭新世界的海盗。他的行为引起了海军总部的恐惧，而被击败的路飞等人也将对这个前所未有的敌人发起新的挑战。。。这部电影是改编自同名动漫的剧场版，由原作者小田荣一郎担任制作总监，艾薇儿·拉维尼演唱主题曲《How You Remind Me》和《Bad Reputation》。
