曾经的中二病深度患者佐藤一郎(岛崎信长 饰),再升入高中后痛改前非,决定过回普通高中男生的生活。然而平凡的日子并未持续多久,某晚一郎为了取会忘记的东西返回校舍,结果在走廊里见到了面无表情、衣着古怪的同班同学佐藤良子(花泽香菜 饰)。
继第一季之后,《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容,在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆(《怨声载道》饰)和井上升(《财富无限》饰)纷纷加盟,无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面,初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外,官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说,让爱好者继续在黑暗世界中游荡。