如今，葵出落成为了大姑娘，身为一名高二学生，葵并没有将心思放在考试和升学上，每天都漫无目的的弹着贝斯，毫无干劲。茜将这一切看在眼里，感到非常的着急。某日，镇上举办了音乐会，在现场，葵意外的发现了金室慎之介的身影，他回到了这个小镇上！与此同时，13年前年仅18岁的慎之介亦穿越来到了姐妹两人的身边。
与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
