在《Fate/Zero》中,与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年,韦伯·维尔维特。时光流转,少年继承了君主·埃尔梅罗的称号,以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份,在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——一名普通高中生佐藤由纪收到了一封来自一款闻所未闻的应用程序“达尔文游戏”的电子邮件。该应用程序是在一款游戏中推出的,玩家参与了一场由电力驱动的战斗。