这些女孩被称为“女巫”，自古以来就一直处于攻势之中，利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下，外星军最终撤退，这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳（由富原美里配音）。战争结束后，她回到了家乡扶桑王国，目标是成为一名优秀的医生。这一天，扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi（上田彩配音）前来参观，并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集，开心地开着玩笑，却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
2599年，酝酿了五百年的火星迁徙计划终于要迈出重要一步了。在此之前，科学家通过注射藻类和蟑螂改善了火星上的生活环境。现在，为了避免死刑的惩罚，小町幸二（伊藤秀吉饰演）和青梅竹马秋田奈介（武井佐纪饰演）不得不同意本多博士（小林俊夫饰演）的要求，与不同身份和背景的人一起登上前往火星的宇宙飞船，例如武野俊夫（山下俊夫饰演，Hiroshi Ichiro（山田隆饰演）、Mori Akira（菊井林子饰演）和Tomoshi（加藤康夫饰演）。到达目的地后，他们惊讶地发现蟑螂已经进化成了非常强壮和高大的生物，并迅速对它们发起了攻击。在战斗中，他们了解到了这次火星之旅的真正目的，并竭尽全力与洪水般的蟑螂作斗争，以便返回地球
