谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
经过多年的眨眼功夫，Naoya和Saki都升上了高中。最后，Saki答应了Naoya的告白，成为了他的女朋友，这真是令人欣慰和祝贺。谁知道，就在他们两人关系顺利之后，班上另一个叫水濑须的女孩（并非Kazuki配音）也向Naoto坦白了。说真的，他无法避免内心涌起的莫名其妙的情绪，于是他向Saki提出了一个离谱的求婚——他想同时与Saki和水濑社交。更令人震惊的是，Saki同意了Naoya的提议。
