孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。
战争结束后，这些破坏性武器的下落成为需要解决的首要问题，所有人都同意将其委托给监护人保管。丹恒（平川大辅配音）和丹飞（中原麻衣配音）这对兄弟姐妹作为护印人，承担了保管最强武器“天谴剑”的责任，但也给他们两人造成了致命的灾难。最终，天行剑还是落入了米天健（关志毅配音）的手中。为了取回魔剑，丹飞踏上了一段旅程，在旅途中他遇到了两个人，林雪雅（鸟广司配音）和尚不言（水洼顺义配音）。
结束了与魔人布欧的惨烈之战后，多灾多难的地球重归和平，而作为救世主存在的孙君（野泽雅子 配音）还生人间，和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平，遥远的宇宙最深处，一个可怕的神明悠然苏醒。
