在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里，伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝，在持续追寻着“黑兔”的踪影，另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上，一场幻想动作剧即将上演。
为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。
16岁的女孩幸田实果子（穴户留美 配音）有着一颗和刚强外表并不匹配的细腻内心，在不知不觉间，青梅竹马的男孩山口薰（山口胜平 配音）早就将它占据。可是，实果子好强的个性和不善于表达的缺点总是让两人之间的交往充满了误会。
