在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中，由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与，这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主，卫宫侍郎也受伤了，失去了英雄Saber。然而，为了保护小樱，侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱，也逃不过魔术师自己的命运
故事以5个高中二年级学生的校园生活为主线，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。他们共同经历了一季的校园生活，今后的他们，将又迎来怎样美好的青春故事呢？ 新的学期又开始了，5个少年迎来了人生中第17个冬季。这天，他们一起去冢原要家吃饭，饭后他们决定都留下来过夜……圣诞节来临，他们又遇到怎么样的小状况呢……一个个温馨幽默的小故事，就这样每天在他们身边发生；个性不同的人物也一个个陆续登场……他们的生活看似一如既往的平淡，却在他们不经意的时候悄悄发生了变化。在吵吵闹闹、诙谐悠闲的日常中，折射出5个少年真真实实、美好温馨的青春岁月。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。
