健二之前与组长的老婆私通，因此犯下大忌遭到追杀。此次遭遇过后，这两个游走边缘的青年成为了好朋友。健二立志出人头地，坐上大哥的位置，为此不择手段；忠志则成为一支地下乐队的主唱，专事吹奏口琴。女友怀有身孕，乐队即将签约，在幸福降临前的那一刻，忠志被卷入健二的黑帮纠纷之中，所有美好憧憬瞬间化作泡影……
在经历了几次波折后，军事特工索尔贝（斋藤智郎配音）利用地球的龙珠将弗利萨带回了地球，而新复活的恶魔国王迅速启动了他的复仇计划。半年后，强大的弗利萨军队降临地球，悟饭（野泽雅子配音）、大魔王比克（久川实夫配音）、克林、天津饭和武田老师站了起来。孙悟空（野泽雅子配音）和贝吉塔（Horikawa Ryuki配音）跟随维斯（森田成一配音）在遥远的宇宙深处接受审判。在危机时刻，入侵地球的消息终于传到了韦斯和比鲁斯的耳朵里，悟空和贝吉塔即将与他们命中注定的敌人进行另一场对抗
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
