决心摧毁这个组织，以不可预测的能力和罕见的“大脑”能力作为武器，脑力之战的新时代开始了。
在这里，九澄结识了新的朋友——个性积极开朗的摘花五十铃（加藤英美里 配音）和温文尔雅的大家闺秀朝雾要（渕上舞 配音），在好友的陪伴和鼓励下，九澄很快就适应了这里的平静生活。 令九澄在意的是班上一位名叫栉名田眠（伊濑茉莉也 配音）的女生，当其他人都热情的围绕在九澄身边时，只有田眠对他冷漠相待。更让九澄感到疑惑的是，田眠曾经非常严肃的给予了自己“不要接近旧市街”的忠告。在那里，究竟隐藏着怎样令人毛骨悚然的秘密呢？
Kenshin深深意识到自己和志志雄（藤原龙雄饰演）之间的巨大差距，为了拯救整个日本，他恳请他的主人教他飞天玉参流的最高奥秘。与此同时，熊志智指向东京，采取了武力夺取国家的下一步行动。他迫使伊藤博美（小泽正治饰演）对刽子手高崎发出国家逮捕令，而得知这一消息的阿久间和佐助（青木隆史饰演）则赶往东京。再次上路的《剑心》是第一个被宫廷粉丝领袖森仓子（伊势谷优介饰演）阻挡的人。他一路过关斩将，将与命中注定的对手志志雄展开最后一战。。。这部电影改编自Kazuki Hiroshi的同名经典漫画。
