而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……
由于这场灾难，国家政府和其他权力机构极不稳定，公共安全问题成为一个挑战。一些组织已经开始允许个人抓捕通缉犯，并用他们换取奖金，这被称为“赏金猎人”。斯派克和杰特是赏金猎人，他们在太空中驾驶BEBOP飞船，通过抓捕逃犯和赚取奖金谋生。在他们的星际旅行中，两人遇到了富有的美女菲和计算机神童埃德，并收养了高度智能的数据狗艾因。从此，四人一狗徜徉在浩瀚的宇宙中，经历着自己和他人生活中的各种悲欢离合，也在寻找各自的过去。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
