尽管他们把所有的家庭用品都交给了阿姨，但当食物吃完后，他们就越觉得自己被落在了后面。清太决定把妹妹带走，独自生活。生活在烟火中并不容易。清太到处偷妹妹的食物，但妹妹仍然严重营养不良
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
开朗、乐观、正义的昭仓姬（藤原美里配音），性格温和、稳重可靠的秋原比纯（和树配音），单纯可爱、乖巧明智的七海蓝（藤田纱纪配音），以及会用语言的冷静大方的五十音延夜（泽城美雪饰演）。在朋友的帮助和支持下，他们需要面对的不仅仅是接二连三出现的突发情况，小镇上还隐藏着复杂而纠缠的权力斗争。
