故事以2020年东京奥运会后的日本为背景，告诉人们面对最终选择的真实生活，因为日本逐渐陷入了“极其普通的家庭故事”。
1999年，由于数字世界中数据的异常激增，数字世界与现实世界之间的联系被破坏。在地球上，奇怪的自然现象也随之发生：东南亚没有降雨，所有的池塘都干涸了；由于持续的大雨，中东地区发生了洪水；美国遭遇了有史以来最冷的冬天。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。
