这个故事告诉了一个17岁的女孩凌雅，她住在日本九州的一所农舍里。她遇到了一个年轻人，他踏上了寻找“门”的旅程。跟随年轻人的脚步，玲雅来到了山上的一处废墟，那里静静地矗立着一扇古老的门，仿佛这是坍塌中仅存的遗迹。
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。
正邪不能两立，光明与黑暗永远敌对。远古时期，正义的魔弹战士们为了世界的和平，早已开始和邪恶的魔物对抗，在双方实力平分秋色之下，魔弹战士失去了能量，而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。
