在阿罗拉区域，Kochi和Pikachu将遇到新的神奇宝贝，获得Z手环，并学习‘Z招式’。
此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
由于在这个世界上被禁忌着的科学和妖术，现在牛魔王的复活要被完成了，负波动覆盖着大地。 看重这事态的天界，下达了请唐三藏去阻止牛魔王复苏实验的命令。同那不怕负波动的三人，孙悟空，沙悟浄，猪八戒一起前往遥远的西天·天竺国的旅行开始了。 与此同时，在天竺国吠登城里，牛魔王复苏实验的策划者张本人，牛魔王的情人玉面公主，向红孩儿下达了除掉三藏一行的抹杀令。红孩儿是牛魔王的儿子，为了救出被玉面公主诅咒封印起来的母亲，同仰仗他的心腹一起发起了挑战。 三藏他们能阻止牛魔王复苏实验，能使走向毁灭的桃源乡再次恢复和平吗？
