在想要离家出走的父母的压力下，大雄（大原惠美配音）、胖虎（木村明配音）、小夫（关惠一配音）和静香（加苏美由美配音）在多啦a梦（三田明配音）的协助下，于7万年前来到了地球。
这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。
12年前，发生在林加德王国的事件，留下了一个巨大的谜团，正在从人们的记忆中被遗忘。随着时间的推移，主人公薇和莉娜的两个姐妹在阿纳斯蒂亚王国过着稳定的日常生活。一天，一架巨大的飞机袭击了阿纳斯塔西娅。以这一天为分界线，女孩们的命运被卷入了漩涡。
