与孙悟空和贝吉塔等龙珠战士的一役结束，伤痕累累的布洛迪乘球星飞船追踪来至地球，却因伤势过重昏迷过去，被冰封于山谷之中。 许多年过去，老一辈龙珠战士开始退居幕后，悟天、特兰克斯和比迪丽寻找散落各地的龙珠。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
春日望美（川上伦子 配音）是一位非常平凡的女子高中生，某日，在放学回家的途中，望美听到了神秘的召唤声，从而来到了一个正在进行着源平之战的平行异世界之中。
