2013年，城市排名第六。这是一个理想的国家，没有犯罪、疾病、战争、痛苦或怨恨。一直相信这一点的12岁天才男孩子园（由Kaji Yuki配音）和他的母亲住在6号的高档住宅区。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
脱下你的鞋子和袜子，让你的赤脚感受地球的喜悦和芳香。脏不脏也没关系。印有破布的长裙在手风琴的欢乐中旋转着跳舞。陌生人，我从来没有见过像你这样绿色的眼睛。今晚，你不需要担心有地方休息，你能在我怀里安然入睡吗？摇摆的吉普赛人。
