无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
德川幕府时期，刽子手拜一刀（田村正和 饰）深得主公信任，然以柳生备前（橋爪功 饰）为首的柳生一族觊觎大权，因此视武功高强的水欧派剑客拜一刀如大敌。
由于缺乏处理复杂人际关系的专业知识，一个刚上高中的名叫安藤聪（Kiyotsu配音）的年轻女孩决定不加入任何俱乐部，成为了一个真正的“返校部”（一个放学后直接回家的学生）。出乎意料的是，在她的学校里真的存在着一种身体上的“回归家园部门”。
