司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天，宝可梦波尔克尼安从天而降，被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起，所以他非常讨厌人类，但这条神奇的链条让他们形影不离，精彩的故事从这里开始。
