木巴塔真琴（由顺田美配音）是一名初出茅庐的女巫，也是一名15岁的高中一年级女孩。在女巫的世界里有一条共同的规则，那就是在十五岁之后，女巫必须进入社会，开始独自生活，练习女巫。
某天，时隔10年回到日本的少年一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。
他们决定组队，展开一场激动人心的冒险，揭开真相。在调查过程中，他们遇到了各种神奇宝贝，并意外地发现了一个令人震惊的阴谋，这个阴谋可能会摧毁整个神奇宝贝宇宙。这部电影改编自任天堂3DS同名游戏，由罗布·莱特曼执导，瑞安·雷诺兹配音，饰演侦探比丘，贾斯汀·史密斯、凯瑟琳·牛顿等人主演。
