“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。
这个宁静的山村已进入雨季。村里的老伐木工人安克彦（石锁光司饰演）是一个保守的人，与儿子关系紧张。在上班的路上，他为新任导演田边敬一（小栗旬饰演）和来自东京的副导演带路，这让他参与了一部僵尸电影的外景拍摄。
