新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
近年来，Yonagi Daisuke（由Kazuki Shingo饰演）在东京的一家文具公司工作。他终于贷款，在繁华的市中心的一套高档公寓里买了自己的房子。
小雅子（石川茂饰演）美丽善良，但行为和性格有些古怪，她和一群可爱的猫独自住在郊区的一所老房子里。她似乎有一种天生的被猫喜欢的气质，她和两年前去世的祖母一样，特别喜欢这些可爱的小动物。
