任何目标都能在六秒内解决，有如传说般存在的天才杀手「寓言」（冈田准一 饰），是个让黑社会闻风丧胆的狠角色。因应「老板」（佐藤浩市 饰）命令，他与搭档（木村文乃 饰）乔装兄妹档，并化名「佐藤明」过着普通人生活，更不得在大坂居住的这一年内杀害任何人…。某天，他偶然遇见神祕的轮椅少女（平手友梨奈 饰），以及看似关爱孩子未来的非营利组织创办人宇津帆（堤真一 饰）。种种不寻常的一切，让寓言回想起四年前的暗杀任务。面对风雨欲来的重重危机，寓言能否继续遵守不杀人的命令，守护自己与身边的亲友呢？
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
