和人类社会并行存在一个精灵的世界，那里的水精灵一百年产一次卵，新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。 这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人，担负起精灵和人类的双重命运。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
标题中的“东京战争”指的是1969年秋天学生之间为阻止首相访问美国而进行的激烈斗争。电影的主人公，年轻的圆木，认为他的一个朋友在斗争中绝望而自杀。但我的朋友们不这么认为。
