校园中推行了一项名为“绊双刃”的特殊制度，学生们必须两两结成绊双刃，同吃同住，以加深彼此的羁绊。羁绊越深，两人得到的力量就越强大。在校园里，九重透流邂逅了名为朱莉（山本希望 配音）的北欧女孩，两人结下了羁绊，就此开始了同居生活。除此之外，傲娇任性的莉莉丝（山崎遥 配音）、迟钝耿直的橘巴（诹访彩花 配音）、身体孱弱的穗高雅（今村彩夏 饰），这些可爱的女孩们都将在学校里找到她们维系一生的羁绊。
酒保Yumura Shinsuke（三浦春马饰演）下班回家时头部被打，身受重伤，差点丧命。经过几天的恢复意识后，他发现自己忘记了一些重要的记忆。这是一段关于之前开车时发生的导致死亡的交通事故的记忆。
受伤的Uno得到了Naiye等人的协助，但没想到小镇上不断出现各种怪物。在Yuno的帮助下，Naiye利用Rising Heart变身为一个神奇的女孩，击败了入侵的怪物，并了解了能量水晶快速宝石种子的秘密和她的任务。在接下来的几天里，为了成为一名合格的魔法女孩，她背着朋友练习。那天晚上，神秘的魔法女孩费特·泰斯特罗萨（由奈良水树配音）突然出现，并与奈良展开了一场激烈的战斗。他们的长期关系由此展开
