海人被一花的外表和性格深深的吸引着，而这位行为举止有些怪异的转学生似乎隐藏着什么不可告人的秘密。 长相幼稚身材却姣好的谷川柑菜（石原夏织 配音），成熟稳重的石垣哲朗（荻原秀树 配音），性格胆小容易害羞的北原美樱（阿澄佳奈 配音），个性诡异不可琢磨的山乃柠檬（田村由加莉 配音），无论结局怎样，在这样的盛夏，和朋友们在一起度过的每一天，都将成为海人无法忘却的珍贵记忆。
然而，附近城镇又发生了一起儿童谋杀案。人们说这个案例和17年前非常相似。当时，罪犯还是一个14岁的男孩。他现在已经出狱，没有人知道他在哪里。一天17年前看到了罪犯的照片，开始怀疑铃木是17年前一系列杀害儿童事件的罪魁祸首。
这一天，一个女孩拿着一把太刀剪刀出现在本能性格学校的门口。她的名字叫诺六子（小泉雅美配音），她来到这个危险的地方是为了调查杀害她父亲的真凶。没想到，在她抵达后不久，就遭到了德川家康（德川稻田配音）、杉山漩涡（Keiyama Xiu配音）等学生会四大天王的阻挠。关键时刻，菊六子竟然收到了父亲亲手制作的黑色神衣，战斗力大增。本能性格学院展开了一系列激烈的战斗
