新南大学工程系建筑系副教授西川创平（Ayano Gang饰演）和该领域的三年级学生西本森（Saki Takei饰演）目前正在撰写一份关于“最接近上帝的人”——才华横溢的年轻女孩真田实姬（Makita Shiji饰演）的报告。
20世纪90年代的日本，六名女高中生组成了“SUNNY”，一起经历了美好的青春，希望能永远在一起。。。20年后，他们各自走上了不同的道路，过着没有交集的生活。有一天，已经成为家庭主妇的奈美，意外地遇到了另一位成员秦香。
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
