《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
住在北九州市的山下直人被打动了。“Naoto很接近医护人员的工作，但它被保存到了未来的歌曲中。虽然这是一首值得关注的未来，但Naoto的话给了勇气，它登上了Tenjin Street的现场。在那之后，Naoto和SNS的对话开始了，它逐渐被未来所吸引，但没有被遇见。这是一个积极的未来，但是他会再次威胁我。奇迹会发生吗？”从音乐和SNS看爱情是好的吗？
