作为一所普通高中，B组即将在一年后开始春假。学生们没有意识到天空的浩瀚和地球的厚度，他们大吵大闹，却没有意识到持续数月的风暴正在向他们袭来。等级老师森口裕子（松石子饰演）完全无视混乱，悄悄地向学生们做了最后的忏悔。
故事发生在2029年，当时受到病毒袭击的日本陷入混乱，被一个名为“GHQ”的暴力组织接管。政府逐渐成为傀儡。在这样一个动荡的环境中，小仓曼二（由加吉由纪配音）只是一个普通的高中生，过着平凡的生活，直到这个女孩楪 ki（由茂野爱一配音）出现在他面前。齐的真实身份是“殡葬协会”的成员，该协会不断从事危险和残酷的战争，旨在从GHQ手中夺回日本的自治权。在该组织领导人津上信也（中村裕一配音）的指导下，他成为了该组织的一员，并结识了Ayase Miyako（川崎配音）和Thrush（武田彩奈配音）等同事。随着战斗的升级，各种迹象表明，姬似乎拥有神秘的力量，而在许多敌人背后隐藏着什么强大的存在，大家都不知道
接着在他们面前，Super Time Jaker·Tid现身了，在守护少年幸吾的战斗中，庄吾遇见了一位喜欢假面骑士的青年·充（Ataru）。 另一方，独自挑战Tid的战兔，被其洗脑操纵了。而想在强大的敌人面前救出幸吾的庄吾，却被充所告知：“假面骑士，在现实中是不存在的。”那句话的真意到底是什么？究竟是从什么时候开始假面骑士变成了虚构的存在？在谜团逐渐加深的时候，庄吾与战兔追踪着Tid的身影，来到了初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹。
