有一天，一座城市被摧毁了——拓爷，一名独行侠运输员，和唯一一个在破坏中幸存下来的女孩，小雪。两人依靠小雪父亲的消息，小雪父亲认为根本没有消息，于是开始去消灭这座城市。然而，意想不到的障碍出现在两人面前。
日本防卫省特种部队的精英内岛维辰（木佩·希娜饰）向学生们介绍了这种怪物。他拥有20马赫的超高速，人类的普通武器对他没有任何影响。为了防止怪物在一年后阴谋毁灭地球，人类必须想办法消灭他。而怪物自愿担任E班的班主任长达三年，因此无能为力的学生承担起了刺杀怪物的责任。之后，学生们接受了内岛的严格训练，刺客碧姬（Kei饰演）、智能机器人自主思考固定炮塔（桥本春奈饰演）、转学生森荷里（Kato Keishiro饰演）和教官秋原明（Takashima Masahiro饰演）等强大对手也纷纷来到这个暗杀教室，离奇的“杀害老师”将面临无休止的暗杀行动。。。这部电影改编自松井有政的流行漫画。
