POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
与此同时，和平的温达利亚岛吸引了大量海盗，他们试图带走辉夜脖子上佩戴的灵石。为了帮助辉夜找回自己的记忆和情感，并恢复温达利亚的平静，里克（Rick）也因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包店工作和生活，他决定与在面包店工作的三位女主人公莱里斯（Leiris）、艾阿里（Aiari）和阿米鲁（Amilu）一起踏上冒险之旅。
