在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。
明治维新十二年后，日本迎来了一个新时代。曾经强大的刽子手飞村建新现在成为了一名和平主义者，与朋友在东京过着平静的生活。一天晚上，建新最喜欢的餐厅遭到枪击，只留下一张写着“人类惩罚”的纸条——有人正准备代表天堂行事，审判的日子即将到来。
从表面上看，被导弹炸伤的no（真嗣昭和配音）似乎是一个非常普通的男孩。在姐姐的安排下，导弹击伤了no（由Ichikawa Rika配音），他进入阿塔拉契亚战略防御学院学习。
