2011年2月19日、日本を襲った60発のミサイル攻撃を誰にも知られることなく阻止した滝沢朗は、その半年後、こつ然と姿を消す。彼を見守ってきた森美咲は、滝沢が残した謎の携帯電話「ノブレス携帯」にあった情報から、滝沢がいると思われるニューヨークへ向かうが……。
“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
